Илия II (в миру Ираклий Георгиевич Гудушаури-Шиолашвили) родился четвертым ребенком в семье Георгия Шиолашвили и Натальи Кобаидзе. В 1927 году семья переехала во Владикавказ.
В 1952 году Илия II окончил среднюю школу №22 во Владикавказе, Московскую духовную семинарию в 1957 и Московскую Духовную Академию в 1960. 16 апреля 1957 года в возрасте 24 лет, с благословения Мелхиседека Третьего, студент второго курса духовной семинарии принял монашеский постриг.
Илия II был рукоположен в епископы Батумские и Шемокмедские 26 августа 1963 года. Был ректором Мцхетской духовной семинарии (с 1963 года по 1972 год). В 1967 году стал епископом Сухуми, а с 1969 года – митрополитом.
После смерти Католикоса-Патриарха Давида V, 9 ноября 1977 года, решением Священного Синода был назначен Патриаршим Местоблюстителем. 23 декабря 1977 года был избран Католикосом-Патриархом; интронизация Илии состоялась 25 декабря 1977 года.
При Илие II произошло масштабное возрождение православия в Грузии в 1980-е годы. За последние несколько десятков лет количество епархий в Грузии было увеличено до 42. В 1977 году в Грузии было лишь 48 действующих храмов, ныне их около 1000.
При нем же были открыты новые духовные учебные заведения, в том числе Тбилисская и Гелатская духовные академии. В Тбилиси возвели самый большой храм в Грузии – Патриарший собор Святой Троицы.